In den Arbeitsgruppen der Insel- und Halligkonferenz - AG Verkehr/Schiffssicherheit, AG Küstenschutz/IKZM, AG Daseinsvorsorge - werden Themen intensiv beraten. Das Energienetzwerk Uthlande wurde gegründet, um die Idee einer Energievision für die Region voranzubringen.
Zudem ist die Insel- und Halligkonferenz Mitglied in verschiedenen Gremien wie beispielsweise der internationalen Organisation KIMO International sowie beim Wattenmeerforum.